論文ノートを固定スキーマで集約し method × dataset × metric の比較表 (MATRIX.md) と 機械可読インデックス (papers.jsonl) を生成する。並列読解時の重複を防ぐため papers.jsonl を mutex として claim 列で管理する。 Use when: auto-research Phase 2 後半、複数の paper-deep-reader 結果を統合するとき、 または既存サーベイに新規論文を追加するとき。